21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。
但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。
拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。
另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
阿部敦 下地紫野 洲崎绫 Lynn 富田美忧 藤井雪代 齐藤真知子 日冈夏美 速水奖 市道真央 木内秀信 阿部菜摘子 柊优花 岛野花 吉冈茉祐 相坂优歌 石谷春贵 稻田彻 浦田涉 笹沼晃 上田燿司 高桥伸也 高桥良辅 日笠阳子 广田行生 冈咲美保 伊藤加奈惠 乡田穗积 近藤玲奈 小岩井小鸟 小山内怜央 津田里穗 龙田直树 杉山里穗 小野大辅 依田菜津 和多田美咲 河野日和 东内麻理子 樱井彻 中村源太 优木加奈 畑中万里江 白熊宽嗣 白石晴香 大地叶 大久保瑠美 福山润 大西沙织 泊明日菜 久野美咲 绿川
岛崎信长 日笠阳子 花江夏树 石上静香 洲崎绫 大桥彩香 木户衣吹 田所梓 子安武人 堀秀行 村田太志 浅沼晋太郎 伊藤健太郎 保村真 福岛润 高梁碧 竹内良太 加隈亚衣 巽悠衣子
大山信代 小原乃梨子 野村道子 立壁和也 肝付兼太 千千松幸子 加藤正之 横泽启子 白川澄子 田中亮一 难波圭一 池田胜 水谷优子 柴田秀胜 栗叶子 石森达幸 加藤精三 石井敏郎 原惠理子 田原阿尔诺 岛香裕 三矢雄二