《零度战姬》第二季（又名：零度战姬振动）故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉。青井和叶是传奇中的潘多拉（能与NOVA作战的少女），和哉为了继承姐姐的遗志，进入了潘多拉的专门学校「杰尼提克斯」，并成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者，从此他的生活便大大改变了。
在因袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉，编入了能够与NOVA对刚的战士以及其制御者的育成机关《杰尼提克斯》。
在那里，和哉与被人称作《禁止接触女王》所畏惧着的少女，莎缇莱萨·艾尔·布丽姬相遇了。
喜欢上了拥有姐姐背影的莎缇莱萨的和哉，在不停被拒绝的情况下仍旧与她共赴战场，慢慢的缩短了距离。
在这时，由于《杰尼提克斯》的上层机关《修吧里诶》的命令，和哉被派遣到了阿拉斯加的基地。在那里，正进行着对抗NOVA的新对策，人工创造出潘多拉的《E潘多拉计划》。
阿部敦 下地紫野 洲崎绫 Lynn 富田美忧 藤井雪代 齐藤真知子 日冈夏美 速水奖 市道真央 木内秀信 阿部菜摘子 柊优花 岛野花 吉冈茉祐 相坂优歌 石谷春贵 稻田彻 浦田涉 笹沼晃 上田燿司 高桥伸也 高桥良辅 日笠阳子 广田行生 冈咲美保 伊藤加奈惠 乡田穗积 近藤玲奈 小岩井小鸟 小山内怜央 津田里穗 龙田直树 杉山里穗 小野大辅 依田菜津 和多田美咲 河野日和 东内麻理子 樱井彻 中村源太 优木加奈 畑中万里江 白熊宽嗣 白石晴香 大地叶 大久保瑠美 福山润 大西沙织 泊明日菜 久野美咲 绿川
岛崎信长 日笠阳子 花江夏树 石上静香 洲崎绫 大桥彩香 木户衣吹 田所梓 子安武人 堀秀行 村田太志 浅沼晋太郎 伊藤健太郎 保村真 福岛润 高梁碧 竹内良太 加隈亚衣 巽悠衣子
大山信代 小原乃梨子 野村道子 立壁和也 肝付兼太 千千松幸子 加藤正之 横泽启子 白川澄子 田中亮一 难波圭一 池田胜 水谷优子 柴田秀胜 栗叶子 石森达幸 加藤精三 石井敏郎 原惠理子 田原阿尔诺 岛香裕 三矢雄二