神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。
在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。
出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
阿部敦 下地紫野 洲崎绫 Lynn 富田美忧 藤井雪代 齐藤真知子 日冈夏美 速水奖 市道真央 木内秀信 阿部菜摘子 柊优花 岛野花 吉冈茉祐 相坂优歌 石谷春贵 稻田彻 浦田涉 笹沼晃 上田燿司 高桥伸也 高桥良辅 日笠阳子 广田行生 冈咲美保 伊藤加奈惠 乡田穗积 近藤玲奈 小岩井小鸟 小山内怜央 津田里穗 龙田直树 杉山里穗 小野大辅 依田菜津 和多田美咲 河野日和 东内麻理子 樱井彻 中村源太 优木加奈 畑中万里江 白熊宽嗣 白石晴香 大地叶 大久保瑠美 福山润 大西沙织 泊明日菜 久野美咲 绿川
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